Sepang gjorde et stort indtryk da banen debuterede på F1 kalenderen i 1999. Kørerne elskede banens gode plads og brede sving, og faciliteterne var uovertrufne. Løbet i '99 inkluderede en af de mest kontroversielle situationer i nyere F1 historie, da Ferraris Eddie Irvine og Michael Schumacher blev diskvalificeret fra første- og andenpladserne pga. brug af ulovlige sidepaneler - de genvandt dog disse placeringer senere. De næste to løb blev også domineret af Ferrari. I 2000 kunne Schumacher nyde en mesterskabs-fest to uger efter at have vundet titlen i Japan, og et år senere kom han og Rubens Barrichello flot tilbage i løbet efter at have mistet næsten et minut, da de skiftede til regndæk. Ralf Schumacher afsluttede Ferraris dominans på banen i 2002, idet han vandt overbevisende efter at brormand Michael og holdkammeraten Juan Pablo Montoya stødte sammen i første sving. Begge kæmpede sig dog tilbage og kom på podiet, men colombianeren modtog F1s første pit gennemkørsels-straf undervejs. McLaren løb med sejren i 2003, da Kimi Raikkonen vandt sit første GP.