Sepang teki suuren vaikutuksen liittyessään F1 kalenteriin vuonna 1999. Kuljettajat rakastuivat leveään rataan ja jouheisiin mutkiin, rataa ympäröivien rakennusten ollessa lähes olemattomat. Vuoden 1999 kilpailussa nähtiin yksi F1 lähihistorian suurimmista kiistanaiheista, kun Ferrarin Eddie Irvine ja Michael Schumacher ottivat kaksoisvoiton, mutta myöhemmin heidän pisteensä otettiin pois johtuen sääntöjenvastaisista ilmanohjaimista. Pisteet kuitenkin lopulta palautettiin ennen kauden viimeistä GP:tä Ferrari dominoi myös kahta seuraavaa kilpalua. vuonna 2000 vietti maailmanmestaruusjuhlia kaksi viikkoa Japanin kilpailun voiton jälkeen, ja vuotta myöhemmin Hän ja Rubens Barrichello järjestivät uskomattoman taistelun takaisin kärkeen hävittyään lähes minuutin sadekelin renkaiden vaihdossa. Ralf Schumacher päätti Ferrarin dominoinnin täällä vuonna 2002, voittaen helponoloisesti, kun veli Michael ja tiimikaveri Montoya olivat osuneet yhteen ensimmäisessä mutkassa. Molemmat taistelivat päästäkseen takaisin podiumille, mutta Kolumbialainen sai F1:sten ensimmäisen varikon läpiajorangaistuksen vaivoikseen. Vuonna 2003 Kimi Räikkönen otti Malesiassa riemukkaasti ensimmäisen GP-voittonsa.