Sepang 1999-es belépése az F1-naptárba mély benyomást tett mindenkiben. A vezetők szerették a nagy nyitott tereket és a lendületes kanyarokat, a létesítmények pedig felülmúlhatatlanok voltak. Az 1999-es verseny egyik hozta a Forma-1 történetének egyik legnagyobb vitáját, amikor az időmérőt követően az első két rajthelyet megszerző Ferrarit, Eddie Irvine és Michael Schumacher autóját kizárták a szabályoknak nem megfelelő légterelő elemek használata miatt. A döntést később visszavonták. A következő két versenyt is a Ferrari uralta. 2000-ben Schumacher itt élvezte a világbajnoki partit, miután két héttel korábban megnyerte a címet Japánban. Egy évvel később ő és Rubens Barrichello hihetetlen előretörését nézhettük végig, miután közel egy percet vesztettek a rosszul időzített esőgumiknak. Ralf Schumacher vetett véget a Ferrarik egyeduralkodásának 2002-ben, kényelmesen megnyerve a futamot, miután bátyja, Michael és csapattársa Juan Pablo Montoya összecsapása rosszul sült el rögtön az első kanyarban. Mindketten küzdöttek, hogy visszaverekedjék magukat a dobogóra, de a kolumbiai megkapta az F1 történetének első "box-utca áthajtásos" büntetését a történtek miatt. A McLaren vehette át a győzelemért járó trófeát 2003-ban, amikor Kimi Räikkönen első alkalommal nyerte meg a versenyt.